Mengacu kepada peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 2348/MENKES/PER/XI/2011 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Kesehatan Nomor: 356/MENKES/PER/IV/2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor kesehatan Pelabuhan, Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Tanjungpinang mempunyai struktur organisasi sebagai berikut :
